โรงพยาบาลธัญญารักษ์ ได้เปิดดำเนินการบำบัดรักษาผู้ติดยาเสพติด เมื่อวันที่ 1 มกราคม 2510 เป็นต้นมา โดยมีนายแพทย์ประยูร นรการผดุง เป็นผู้อำนวยการท่านแรก และได้ทำการศึกษาค้นคว้าวิธีการที่นานาประเทศปฏิบัติกันอยู่ ว่าควรดำเนินการในรูปใดจึงจะสัมฤทธิ์ผลและเป็นที่ยอมรับ ได้มีการพัฒนารูปแบบการบำบัด ตามลำดับ ดังนี้

ตั้งแต่ พ.ศ. 2510–2513 การบำบัดรักษายาเสพติดได้แบ่งเป็น 3 ขั้นตอน ดังนี้

1. ขั้นถอนพิษยา ใช้ระยะเวลา 7 วัน โดยให้บริการแบบผู้ป่วยในอย่างเดียว
2. ขั้นฟื้นฟูสมรรถภาพจิตใจ
3. ขั้นติดตามผล

ตั้งแต่ พ.ศ. 2514 เปลี่ยนการบำบัดรักษายาเสพติดจาก 3 ขั้นตอนเป็น 4 ขั้นตอน ได้แก่

1. ขั้นเตรียมการก่อนรักษา
2. ขั้นถอนพิษยา
3. ขั้นฟื้นฟูสมรรถภาพ
4. ขั้นติดตามหลังรักษา